Loire : covid-19, com­ment les auto­tests peuvent chan­ger les choses

Dans un contexte de cir­cu­la­tion épi­dé­mique sou­te­nue tel que celui que nous tra­ver­sons, de nom­breuses épi­dé­mies loca­li­sées — dites « clus­ters » — sont fré­quem­ment rap­por­tées dans les éta­blis­se­ments de soins, les EHPAD, mais aus­si en milieu sco­laire ou en entreprise.

Limiter la dif­fu­sion du virus dans ces lieux où les contacts ne peuvent être évi­tés est cru­cial, non seule­ment pour pro­té­ger les per­sonnes concer­nées (soi­gnants et patients, pro­fes­sion­nels, ensei­gnants et élèves…), mais aus­si parce que ces clus­ters jouent un rôle dans la dif­fu­sion du virus dans la com­mu­nau­té en géné­ral. Il s’agit donc d’un enjeu majeur pour le contrôle épi­dé­mique global.

Pour y par­ve­nir, les tests consti­tuent la pre­mière étape de la stra­té­gie « tes­ter, aler­ter, pro­té­ger » mise en place en France. L’arrivée d’un nou­vel outil de dépis­tage, les auto­tests, pour­rait encore la renforcer.

Un accès aux tests en constant développement

Depuis le début de la pan­dé­mie, l’accès aux tests a été lar­ge­ment déve­lop­pé et faci­li­té en France. Deux types de tests éva­luant la pré­sence du coro­na­vi­rus SARS-Cov‑2 sont aujourd’hui acces­sibles au grand public.

Les pre­miers sont uti­li­sés pour détec­ter la pré­sence du maté­riel géné­tique du SARS-CoV‑2 (son ARN) chez les patients, signe d’une infec­tion par ce coro­na­vi­rus. Un pré­lè­ve­ment naso­pha­ryn­gé est effec­tué sur la per­sonne à tes­ter, puis l’échantillon est ana­ly­sé par RT-PCR. Ces tests sont réa­li­sés en labo­ra­toire, le résul­tat est obte­nu dans un délai pou­vant varier de 8h à 48h, voire plus, selon le labo­ra­toire et le flux de demandes.

Les seconds tests dis­po­nibles sont les tests dits « anti­gé­niques » : ils détectent la pré­sence de pro­téines de struc­ture du virus (les­quelles sont des « anti­gènes », un terme qui désigne tout élé­ment étran­ger à l’organisme capable de déclen­cher une réponse immu­ni­taire), avec une bonne sen­si­bi­li­té durant la période se situant autour du pic de charge virale. Ces tests sont réa­li­sés par pré­lè­ve­ment naso­pha­ryn­gé en phar­ma­cie. Le résul­tat est obte­nu rapi­de­ment, 15 à 30 minutes plus tard. La mise à dis­po­si­tion des tests anti­gé­niques a per­mis de désen­gor­ger les labo­ra­toires qui étaient sub­mer­gés par les demandes de tests PCR.

Une des limi­ta­tions de ces deux types de tests est que le pré­lè­ve­ment naso­pha­ryn­gé sur lequel ils reposent doit néces­sai­re­ment être réa­li­sé par des professionnels.

Une alter­na­tive à un tel pré­lè­ve­ment naso­pha­ryn­gé est le pré­lè­ve­ment sali­vaire, plus faci­le­ment accep­té car moins désa­gréable : selon le type de tests, il suf­fit de cra­cher un peu de salive dans un tube ou de frot­ter un coton-tige dans la bouche.

Les échan­tillons ain­si recueillis peuvent ensuite être ana­ly­sés par RT-PCR dans les mêmes condi­tions que lors d’un pré­lè­ve­ment nasopharyngé.

Enfin, il existe un der­nier type de tests : les tests rapides anti­gé­niques ou RT-LAMP. Avantages de ces der­niers : ils s’effectuer sous forme d’autotests faci­le­ment réa­li­sables à par­tir de pré­lè­ve­ments sali­vaires ou nasaux (au niveau des narines, donc moins pro­fon­dé­ment que les pré­lè­ve­ments naso-pha­ryn­gés), leurs résul­tats sont obte­nus rapi­de­ment, et leur coût est bien moindre que celui des tests RT-PCR. Inconvénient : ils peuvent être moins sen­sibles, ce qui explique pour­quoi ils ne sont pas recom­man­dés pour le diag­nos­tic des per­sonnes symptomatiques.

Ces auto­tests ont été déployés lar­ge­ment au Royaume-Uni depuis le mois de jan­vier. En France, la Haute Autorité de Santé s’est pro­non­cée le 15 mars en faveur de leur déploie­ment, mais ils ne sont pas encore dis­po­nibles à ce jour. Leur vente ne devrait à terme se faire qu’en phar­ma­cie, les auto­ri­tés res­tant réser­vées quant à leur mise à dis­po­si­tion plus large (super­mar­chés, etc.). Pourtant, les béné­fices à tirer de ces tests plus simples à mettre en œuvre pour­raient lar­ge­ment dépas­ser leurs inconvénients.

 

La stra­té­gie française

La stra­té­gie mise en place en France consiste à inci­ter les indi­vi­dus symp­to­ma­tiques, puis leurs contacts à risque une fois qu’ils ont été iden­ti­fiés, à aller se faire tes­ter de façon volon­taire, puis de s’i­so­ler en cas de test posi­tif. Cette stra­té­gie n’a mal­heu­reu­se­ment pas ou peu d’effet sur les clus­ters, pour plu­sieurs raisons.

D’une part, une por­tion signi­fi­ca­tive des per­sonnes infec­tieuses sont asymp­to­ma­tiques ou pau­ci­symp­to­ma­tiques, et ce notam­ment en milieu sco­laire. Même s’il est vrai­sem­blable que les asymp­to­ma­tiques trans­mettent moins inten­sé­ment, pos­si­ble­ment du fait d’une charge virale plus faible, ce n’est pas le cas des indi­vi­dus en phase pré­symp­to­ma­tique, la période de 2 jours envi­ron qui pré­cède la phase symp­to­ma­tique, durant laquelle la charge virale est déjà importante.

D’autre part, l’inconfort des pré­lè­ve­ments naso­pha­ryn­gés engendre des réti­cences à se faire tes­ter régu­liè­re­ment. Au Royaume-Uni, il a été esti­mé que 57 % des indi­vi­dus symp­to­ma­tiques ne se font pas tester.

Enfin, le mode de tra­çage des contacts, basé sur la décla­ra­tion des per­sonnes détec­tées posi­tives, est impar­fait ; le risque de satu­ra­tion du sys­tème est impor­tant et l’adhésion de la popu­la­tion aux appli­ca­tions de tra­çage sur smart­phone de type TousAntiCovid reste limi­tée en France.

Dans ce contexte, la Haute Autorité de Santé s’est décla­rée favo­rable à l’usage de tests RT-PCR sur pré­lè­ve­ment sali­vai­re­dans le cadre de dépis­tages ciblés à large échelle répé­tés régu­liè­re­ment. Les don­nées les plus récentes sug­gèrent en effet que les tests RT-PCR sali­vaires ont une sen­si­bi­li­té proche de celle des tests RT-PCR naso­pha­ryn­gés, tout en offrant une meilleure accep­ta­bi­li­té. Un pro­gramme de dépis­tage dans les écoles a notam­ment été lan­cé à l’occasion de la ren­trée des vacances d’hiver.

Mais l’analyse par RT-PCR demeure jus­te­ment le fac­teur limi­tant de l’emploi de ce type de tests.

Les limi­ta­tions de l’analyse par RT-PCR

Le recours aux tests RT-PCR pour des dépis­tages popu­la­tion­nels régu­liè­re­ment répé­tés pose plu­sieurs pro­blèmes. Techniques et logis­tiques, tout d’abord, notam­ment parce que ces tests néces­sitent le recours à du per­son­nel de labo­ra­toire for­mé, ain­si qu’à du maté­riel spé­ci­fique. De coût, ensuite. En effet, l’État reverse aux labo­ra­toires 43 euros par test, avec majo­ra­tion en cas de résul­tats rapides.

Il donc pro­bable que la géné­ra­li­sa­tion de ces tests à grande échelle à l’occasion de dépis­tages mas­sifs géné­re­rait une satu­ra­tion des labo­ra­toires, pour un coût impor­tant. Et ce, pour com­bien de tests posi­tifs en proportion ?

Autre pro­blème : le délai pour obte­nir les résul­tats de ces tests RT-PCR peut, on l’a vu, aller de 24 à 48H en pra­tique, dans les labo­ra­toires de ville. Ce délai aug­mente avec le nombre de tests réa­li­sés, donc avec l’intensité de l’activité épi­dé­mique. Or, un résul­tat obte­nu après ne serait-ce qu’une jour­née signi­fie qu’une per­sonne infec­tée peut trans­mettre le coro­na­vi­rus pen­dant cette jour­née, rédui­sant en par­tie le béné­fice de cette mesure pour­tant clé dans le contrôle de l’épidémie.

Autotests : les faux néga­tifs, un faux problème ?

La solu­tion alter­na­tive est le recours aux auto­tests. En France, les auto­ri­tés sont encore fri­leuses quant à l’autorisation et la mise à dis­po­si­tion de ces tests, au motif que ces tests pré­sentent une sen­si­bi­li­té infé­rieure à celle des tests par RT-PCR : elle est par exemple de l’ordre de 60 à 70 % pour les tests anti­gé­niques sali­vaires et de 80 à 85 % pour les tests RT-LAMP sali­vaires comme le test EasyCov. Cette moindre sen­si­bi­li­té par rap­port à la RT-PCR s’explique notam­ment par la dimi­nu­tion rapide de la charge virale dans la salive et les narines après qu’elle a atteint son maximum :

Figure 1: Évolution de la charge virale au cours de l’infection et positivité des tests.
Figure 1: Évolution de la charge virale au cours de l’infection et posi­ti­vi­té des tests. Après une infec­tion au jour 0, la quan­ti­té de virus aug­mente pro­gres­si­ve­ment dans le corps puis dimi­nue len­te­ment. Alors que les pré­lè­ve­ments ana­ly­sés par RT-PCR conti­nuent à détec­ter des élé­ments géné­tiques viraux après la période infec­tieuse, les auto­tests détectent la pré­sence de pro­téines virales lorsque la per­sonne est la plus infec­tieuse. Figure ins­pi­rée de Mina NEJM 2020

Ceci implique que lors de dépis­tages mas­sifs avec des auto­tests anti­gé­niques de per­sonnes asymp­to­ma­tiques, il y aurait un cer­tain nombre de faux néga­tifs. On peut alors craindre que ces per­sonnes, pour­tant poten­tiel­le­ment conta­gieuses, aient des com­por­te­ments à risque parce qu’elles se pensent non infec­tées. Néanmoins, l’expérience bri­tan­nique sug­gère que ce phé­no­mène reste limi­té si on prend soin d’informer les uti­li­sa­teurs de ces tests sur l’incertitude asso­ciée au résultat.

De plus, un cal­cul simple montre que le nombre d’individus concer­nés res­te­rait très limi­té. Ainsi, pour une pré­va­lence com­mu­nau­taire éle­vée, de l’ordre de 1 %, même sous des hypo­thèses pes­si­mistes sur la sen­si­bi­li­té et la spé­ci­fi­ci­té des auto­tests, la pro­ba­bi­li­té d’être infec­té alors que l’on a un test néga­tif ne serait que de l’ordre de 4 pour mille :

Calcul : P = Prev*(1-Se) / (Prev*(1-Se) + (1-Prev)*Sp) = 4/1000, avec P : le nombre de personnes présentant un test négatif mais pourtant infectées ; Se : la sensibilité du test (60 %) ; Sp : la spécificité du test (90 %) ; Prev : prévalence de la maladie (1 %)

Par ailleurs, il est pro­bable que ces auto­tests détectent ceux des cas qui sont les plus conta­gieux, et que ces « faux néga­tifs » jouent de toute façon un rôle moins impor­tant dans la dyna­mique épi­dé­mique. Certains sug­gèrent même qu’une sen­si­bi­li­té trop impor­tante pour­rait être néfaste, puisqu’elle engen­dre­rait la mise en iso­le­ment de per­sonnes pour­tant non infectieuses.

 

Un faible coût qui repré­sente un atout pour le dépistage

Le coût des auto­tests est lar­ge­ment moindre que celui des tests RT-PCR : il est d’environ 4 euros par test au Royaume-Uni, soit 10 fois moins que ces der­niers. Par ailleurs, leur mise en œuvre beau­coup plus simple. Les auto­tests peuvent être réa­li­sés à la mai­son, en milieu de soin, ou sur le lieu de tra­vail, pour four­nir un résul­tat en quelques dizaines de minutes.

Le fait que ces tests soient si peu oné­reux pré­sente un avan­tage cer­tain en matière de contrôle épi­dé­mique : pour un coût équi­valent, le béné­fice de réa­li­ser régu­liè­re­ment un dépis­tage ciblé via des auto­tests d’une sen­si­bi­li­té de 60 %, tous les 2 jours par exemple, serait supé­rieur à celui de réa­li­ser un test PCR d’une sen­si­bi­li­té de 90 % toutes les 3 semaines.

En effet, des simu­la­tions d’un modèle sim­pli­fié de trans­mis­sion du SARS-CoV‑2 dans une popu­la­tion de 1000 per­sonnes sug­gèrent qu’après 2 mois, l’utilisation régu­lière de tests per­met de réduire signi­fi­ca­ti­ve­ment le nombre de trans­mis­sions secon­daires par cas (avec 25 % de cas secon­daires en moins par cas avec les auto­tests), et ain­si le risque épi­dé­mique global.

L’utilisation des auto­tests per­met par ailleurs de limi­ter signi­fi­ca­ti­ve­ment le nombre de RT-PCRs réa­li­sées dans les labo­ra­toires. Ces résul­tats sont résu­més dans la figure ci-dessous :

Évolution simulée sur 2 mois du nombre de cas de COVID-19 au sein d’une population de 1000 individus dont 10 (1%) infectés initialement, selon 3 stratégies de dépistage
Évolution simu­lée sur 2 mois du nombre de cas de COVID-19 au sein d’une popu­la­tion de 1000 indi­vi­dus dont 10 (1%) infec­tés ini­tia­le­ment, selon 3 stra­té­gies de dépis­tage : l’actuelle, où les symp­to­ma­tiques sont inci­tés à se faire tes­ter (et 50% se font effec­ti­ve­ment tes­ter) ; une stra­té­gie dans laquelle, en plus des tests volon­taires des symp­to­ma­tiques, tous les indi­vi­dus sont tes­tés en PCR (sen­si­bi­li­té sup­po­sée de 90%) tous les 20 jours ; et une stra­té­gie dans laquelle, en plus des tests volon­taires des symp­to­ma­tiques, tous les indi­vi­dus sont tes­tés avec un auto­test rapide (TDR, sen­si­bi­li­té sup­po­sée de 60%) tous les 2 jours. Simulations réa­li­sées avec un R0 à 1.5. Les cas détec­tés par les tests et donc iso­lés pen­dant 7 jours sont en bleu, les cas non détec­tés en orange. Author pro­vi­ded

Des études de modé­li­sa­tion ont par ailleurs éga­le­ment démon­tré l’utilité des tests fré­quents dans les hôpi­taux, à la fois pour la détec­tion pré­coce de la cir­cu­la­tion du virus et pour la détec­tion des soi­gnants asymp­to­ma­tiques ou présymptomatiques.

Un com­plé­ment aux tests RT-PCR

Un des incon­vé­nients des auto­tests rapides réa­li­sés au domi­cile est qu’ils ne pour­raient pas ali­men­ter direc­te­ment les bases de don­nées de sur­veillance natio­nale de l’épidémie. Cette sur­veillance devrait donc être réa­li­sée par d’autres biais, tels que des pré­lè­ve­ments régu­liers d’échantillons repré­sen­ta­tifs de la popu­la­tion comme cela se fait au Royaume-Uni avec l’étude REACT. Par ailleurs, dans ce pays les per­sonnes ayant effec­tué un auto­test posi­tif sont invi­tées à se décla­rer en ligne sur un site gouvernemental.

En outre, le dépis­tage fin des indi­vi­dus symp­to­ma­tiques par PCR res­te­ra indis­pen­sable, notam­ment pour per­mettre une sur­veillance viro­lo­gique des variants cir­cu­lants. Malgré tout, le déploie­ment d’autotests rapides, simples et faci­le­ment réa­li­sables faci­li­te­rait l’accès aux tests pour les asymp­to­ma­tiques, popu­la­tions qui ne sont a prio­ri pas la cible du dépis­tage tel qu’il est actuel­le­ment mis en place.

 

 

En paral­lèle de la vac­ci­na­tion mas­sive entre­prise à l’heure actuelle dans notre pays, et après plus d’un an de res­tric­tions, ces auto­tests pour­raient être uti­li­sés dans de nom­breux contextes, qu’il s’agisse des ser­vices hos­pi­ta­liers, où il devien­drait pos­sible de tes­ter faci­le­ment chaque semaine — voir plu­sieurs fois par semaine — les per­son­nels ou les patients, ou encore dans les uni­ver­si­tés, où la reprise pour­rait être envi­sa­gée grâce à la mise à dis­po­si­tion mas­sive de ces tests aux étu­diants, par exemple. Ils pour­raient faci­li­ter la réou­ver­ture des écoles, col­lèges, lycées et lieux de tra­vail, s’ils y étaient déployés lar­ge­ment comme c’est le cas au Royaume Uni.

Plus géné­ra­le­ment, très lar­ge­ment mis à dis­po­si­tion de la popu­la­tion via notam­ment les grandes sur­faces (et pas seule­ment les phar­ma­cies comme pré­vu à ce jour), les auto­tests rapides réa­li­sables à domi­cile pour­raient com­plè­te­ment chan­ger la donne dans le dis­po­si­tif fran­çais de lutte contre l’épidémie.

 

 

Article libre de droit par theconversation.com.

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